A CPA elabora periodicamente questionários de avaliação que são aplicados nos diversos setores da instituição, o que permite a verificação do cumprimento da missão e das políticas institucionais. A comunidade interna da AEMS, formada pela direção e por professores, funcionários e alunos da instituição, beneficia-se da auto-avaliação na medida em que adquire subsídios para refletir sobre seu projeto acadêmico-institucional e transformá-lo. A comunidade externa, por sua vez, tem acesso aos pontos fortes e às fragilidades da instituição assim avaliada. A Lei nº 10.861/2004, que o instituiu o SINAES, apóia-se em três componentes básicos, que caracterizam três processos distintos de avaliação:
a) A avaliação institucional,
b) A avaliação dos cursos de graduação
c) A avaliação do desempenho dos estudantes, conhecida agora por ENADE.
Sendo parte de um mesmo sistema de avaliação, cada um destes processos é desenvolvido em situações e momentos distintos, fazendo uso de instrumentos próprios, mas articulados entre si.