A CPA elabora semestralmente questionários de avaliação, os quais são aplicados aos integrantes dos três segmentos da Instituição: alunos, professores e funcionários. As questões cuidam da organização didático e pedagógica, dos serviços administrativos e acadêmicos, da infraestrutura, em especial do acervo da biblioteca, dos laboratórios, de atividades de extensão, de responsabilidade social, comunicação interna e externa, de eventos e de produção científica, de modo a abranger as dimensões relativas à missão da IES, políticas institucionais, atividades de ensino, atendimento aos alunos, gestão e planejamento da Instituição e funcionamento dos colegiados.
Além disso, obtém informações nos relatórios de avaliações externas, elaborados por comissões de avaliação do INEP - Instituto Nacional de Estudos e Pesquisas Educacionais Anísio Texeira, autarquia vinculada ao Ministério da Educação e tem acesso aos registros acadêmicos e contábeis da Instituição.
Assim, como todas as instituições de educação superior integrantes do sistema nacional, as Faculdades Integradas de Três Lagoas são avaliadas internamente pela CPA e externamente pelo Ministério da Educação.